Der stetige Zuwachs an Kenntnissen über den menschlichen Körper seit der Entstehung der neuzeitlichen Wissenschaften führte zu einer sich beschleunigenden Ausdifferenzierung der medizinischen Disziplinen. Dies schlug sich im 19. und 20. Jahrhundert in einer sprunghaften Zunahme der Ordinariate nieder, als inbesondere der technische Fortschritt neue Wissensfelder hevorbrachte, man denke etwa an die Radiologie, die nach Röntgens Éntdeckung der X-Strahlung schnell in den Lehrplan aufgenommen wurde.

Mit dem Erlass des Universitätsgesetzes von 1818 wurde die alte Aufteilung in Anatomie, Theoretische und Praktische Medizin verlassen und Lehrstühle für definierte Fächer geschaffen: Anatomie, Physiologie, Pathologie, Medizin, Chirurgie und Entbindungskunst. Mit der zunehmenden Spezialisierung sowie neuen Diagnose- und Behandlungsverfahren hat die Zahl der Ordinariate bis zum Ende des 20. Jahrhunderts auf bald 40 und die der Extraordinariate auf über 60 zugenommen. Zwei Drittel entfielen auf klinische Professuren. Die Geschichte der verschiedenen medizinischen Fächer der letzten 50 Jahre wurde aus Anlass des 550-jährigen Jubiläums im Jahr 2010 zusammengestellt. Fächer, deren Geschichte nicht schon anderenorts ausführlich dargestellt wurde, werden ausführlicher beschrieben.