Nachdem die Medizinische Fakultät kurzzeitig ausgestorben war, gelang ihr 1818 schliesslich der Sprung in die medizinische "Neuzeit".

In den Jahren 1799-1800 starben alle medizinischen Ordinarii. "Die Medizinische Fakultät ist heute ausgestorben", schreibt an Silvester 1800 "mit Gruss und Bruderliebe" der Basler Regierungsstatthalter Zschokke dem Helvetischen Direktorium in Bern. Nur vier Studenten hatten sich immatrikuliert, und es gab keine einzige Promotion.

Im Dezember 1817 wurde beschlossen "die medizinische Fakultät nicht eingehen zu lassen, sondern beizubehalten und zu erweitern". Mit dem Erlass des Universitätsgesetzes von 1818 war die Medizinische Fakultät in die medizinische "Neuzeit" eingetreten und die Entwicklung  der Medizinischen Fakultät wurde einerseits durch den Klinikenvertrag von 1865 und andererseits durch das modifizierte Universitätsgesetz von 1866 gesichert. Bis heute hat die durch den Erlass begründete Stabilität Bestand. Sie ist die Grundlage einer stetigen Konsolidierung, durch die die Medizinische Fakultät heute zu den führenden Institutionen der Schweiz zählt. 

Dieser wichtigen Periode hat Frau S. Braunschweig eine Studie gewidmet: "Das Universitätsgesetz vor 150 Jahren: Aufbruch in die Moderne"

Literatur: 
Webseite Universitätsgeschichte Basel 1460–2010, https://unigeschichte.unibas.ch/ (20.11.2015); 
Bonjour, Edgar: Die Universitat Basel von den Anfangen bis zur Gegenwart, 1460–1960, Basel 1960;
Buess, Heinrich; Labhardt, Eugen: Zur Erinnerung an das hundertjährige Bestehen der Medizinischen Gesellschaft Basel, 1860–1960, Riehen 1961; 
Burckhardt, Albrecht: Geschichte der Medizinischen Fakultat zu Basel 1460-1900, Basel 1917; Koelbing, Huldrych M.: Das Burgerspital als Universitatsspital, 1865– 1965, in: Burgerspital Basel, (Hg.): 700 Jahre Burgerspital Basel, 1265–1965, Basel 1965, S. 35–78; 
Staub, Hans: Zur Geschichte der Medizinischen Klinik Basel, 1865–1945, Basel 1945; 
100 Jahre Frauen an der Uni Basel: «d’Studäntin kunnt! »: Katalog zur Ausstellung von HistorikerInnen und StudentInnen des Historischen Seminars der Universitat Basel, Basel 1991.