1876–1886 Albert Burckhardt-Merian (1843–1886)

Das Fach der Hals-, Nasen-, Ohrenkrankheiten spaltete sich Mitte 19. Jahrhundert von der Chirurgie und der Innern Medizin ab. Albert Burckhardt-Merian förderte die moderne Ohrenheilkunde und wurde 1876 zum ausserordentlichen Professor ernannt. Neben dem praktischen Unterricht, den er in seiner privaten Sprechstunde durchführte, gründete er zur wissenschaftlichen Untersuchung der Anatomie und Pathologie des Ohrs ein kleines otologisches Institut. Seine Forschungen wurden international zur Kenntnis genommen. Der dritte internationale Otologenkongress wurde zu seinen Ehren 1884 in Basel organisiert.

1888–1922 Friedrich Siebenmann (1852–1928)

Nach Albert Burckhardt-Merians frühem Tod wurde sein Schüler Friedrich Siebenmann Nachfolger. Für die Weiterbildung in Ohrenheilkunde war er in Wien, Breslau und München. 1892 wurde er zum ausserordentlichen und 1903 zum ordentlichen Professor ernannt. Als Klinikleiter und erster Lehrstuhlinhaber für Ohrenheilkunde in der Schweiz von 1896 bis 1922 setzte sich Siebenmann für die Etablierung des Fachs in Unterricht und Weiterbildung ein. Er forschte u. a. zur Anatomie des Innenohrs und zur Pathologie der Taubstummheit.

1922–1941 Ernst Oppikhofer

In Prof. Ernst Oppikofer wurde 1922 ein würdiger Nachfolger Siebenmanns gefunden, dem es gelang den hohen Standard der Basler Klinik aufrecht zu erhalten. Von 1913 an leitete er die Poliklinik, sein Interesse galt vor allem der Rhinologie und dem Thema "Nachteilige Folgen behinderter Nasenatmung". Seinem unermüdlichen Einsatz ist es zu verdanken, dass 1935 die Otorhinolaryngologie durch die eidgenössische Prüfungskommission in die Liste der Pflichtfächer für das Staatsexamen aufgenommen wurde. In Basel wurde aufgrund des revidierten Universitätsgesetzes 1937 der erste gesetzliche Lehrstuhl etabliert und damit die erste ordentliche Professur für Hals-Nasen-Ohren-Heilkunde geschaffen. Zusammen mit seinem Stellvertreter Prof. Emil Schlittler führte Oppikhofer die HNO-Klinik auf einem wissenschaftlich hochstehenden Niveau.

1941–1965 Erhard Lüscher (1894–1979)

Erhard Lüscher war ausserordentlicher Professor an der Universität Bern, als er die Nachfolge von Ernst Oppikhofer antrat. Gemeinsam mit Josef Zwislocki entwickelte er 1948/1949 eine audiometrische Methode der Hals-Nasen-Ohrenheilkunde, mit der die Erkennbarkeit kleiner Lautstärkeschwankungen untersucht werden konnte. Der Test, der unter seinem Namen als Lüscher-Test, in die Geschichte einging, erlaubte Rückschlüsse auf das Vorliegen eines Recruitments und damit auf den Ort der Schädigung bei einer Schallempfindungsschwerhörigkeit. Später wurde der Test abgewandelt und vereinfacht und fand in Form des SISI-Tests weite Verbreitung. 

1965–1991 Carl-Rudolf Pfaltz

Nach dem Studium der Medizin in Basel promovierte Carl-Rudolf Pfaltz 1947 an der Universität Basel und wurde Privatdozent für Chirurgie und Oberarzt an der HNO-Klinik. 1958 habilitierte er sich in Oto-Rhino-Laryngologie und wurde 1965 Nachfolger von Erhard Lüscher als Leiter der HNO-Klinik und Ordinarius an der Universität Basel. 1968/69 war er Dekan der Medizinischen Fakultät und 1988–1990 Rektor. 

1991-2006 Rudolf R. Probst (geb. 1950)

Nach der Emeritierung der Ordinarien Pfaltz und Wey übernahm Rudolf Probst als ordentlicher Professor und Chefarzt die Leitung der Hals-Nasen-Ohren-Klinik. Unter seiner Ägide wurde die Forschung der Navigationschirurgie mit 3D-Bildgebung vorangetrieben und diese Technologie schon früh im Sinne von "early adapters" eingesetzt. Er baute an der Basler Klinik die cochläre Forschung auf und führte ab 1986 die ersten Cochlear Implant Operationen durch. Am heutigen CI-Zentrum werden mehrere hundert Patienten von Fachpersonen aus den Bereichen Medizin, Technik und Pädagogik betreut. Langfristig erfolgsentscheidend für CI-Eingriffe ist die Früherkennung der kindlichen Hörstörung vor der Sprachentwicklung. Diese Erkenntnis führte zur Einführung des routinemässigen Neugeborenen-Hörscreenings, bei dem mittels Messung der otoakustischen Emissionen bereits kurz nach der Geburt eine Hörschädigung ausgeschlossen werden kann resp. bei Zweifeln am Hörvermögen weitere Prüfungen durchgeführt werden. Prof. Probst engagierte sich stark für die Bedürfnisse von Menschen mit einem Gehördefizit, so auch als langjähriger Präsident der eidgenössischen Kommission für Audiologie und Expertenwesen.