Die Augenklinik wurde unter dem Namen „Augenspital“ oder im Volksmund das „Augeli“  räumlich vom damaligen Bürgerspital und späteren Kantonsspital getrennt als private Stiftung mit universitärem Auftrag geführt. 1986 kündigte die Basler Regierung den Vertrag mit der Stiftung und ab 1988 bildeten je drei staatliche Vertreter von Baselstadt und Baselland den Stiftungsrat. 1995 erfolgte die betriebliche und 1997 die administrative Integration ins Kantonsspital, dem späteren Universitätsspital.

Diese Sonderstellung hatte einige Vorteile, z.B. große Selbstbestimmung und genügend Raum. Der Nachteil war die fehlende Unterstützung durch Spezialisten aus dem Zentrum wie z.B. Rechtsdienst und v.a. der fehlende Zugang zum Zentrum für Lehre und Forschung, später Departement Biomedizin (DBM) genannt.

Unter der Leitung von Prof. Baldur Gloor  hatte die Augenklinik eigene Tierställe und sicherte sich so eine gewisse Unabhängigkeit in der Forschung. Der Schwerpunkt lag klinisch in der Ophthalmo-Chirurgie und wissenschaftlich in der Erforschung des Glaskörpers.

Prof. J. Flammer suchte mehr die interdisziplinäre Zusammenarbeit mit Internisten, Kardiologen, Pharmakologen, Physikern, Chemikern und Molekularbiologen. Auch nach der Integration ins Kantonsspital blieb der Augenklinik der Zugang zum DBM noch mehrere Jahre  verwehrt. Deshalb setzte Flammer vor allem auf die klinische Forschung mit dem Schwerpunkt Mikro-Zirkulation und Glaukom. Dies hat eine internationale Ausstrahlung erreicht. Das Gästebuch der Klinik dokumentiert die vielen Besucher aus der ganzen Welt. Basel wurde, wie es der Medizin-Historiker Dr. Gerste ausdrückte, zum Mekka für Glaukom. Aus dieser Zeit stammt auch das vaskuläre Glaukom-Konzept,  das Flammer-Syndrom und die Erkenntnisse der Regulation des retinalen Venendruckes. Legendär waren auch die jährlichen „Glaucoma-Meetings“ und die, in viele Sprachen übersetzten Bücher.

Ein anderer wichtiger Schwerpunkt war und ist die Augenpathologie. Die Augenpathologie profitierte von der engen Kooperation mit dem Institut für Pathologie (Prof. M. Mihatsch und später Prof. M. Tolnay),  welches  ab 1995 auch die technische Verarbeitung des Untersuchungsgutes vornahm.

Bereits 1925 machte Prof. Rintelen augenpathologische Untersuchungen. Die neu geschaffene Abteilung für Augenpathologie wurde ab 1965 von Prof. Basil Daicker und seit 1995 von Prof Peter Meyer geleitet. Für seine  Arbeiten über  die Pathomorphologie der peripheren Netzhaut wurde Prof. Daicker mehrfach ausgezeichnet. Er baute eine große Sammlung an Präparaten auf, welche Prof. Meyer weiterführte und Teile davon als „Stereoatlas of Ophthalmic Pathology“ publizierte.

Die von Prof. Meyer aufgebaute Tumor-Sprechstunde, wurde zu einem internationalen  Referenzzentrum. Ein zweiter Schwerpunkt von Prof. Meyer sind die neurodegenerativen Erkrankungen des Sehnerven.

Die Basler Augenheilkunde als Teil der Schweizerischen Augenheilkunde hat Dr. Gerste eindrücklich beschrieben: https://www.karger.com/Article/Pdf/511057 .